EMSAについての、いくつかの疑問
1.この言い方は一般的ではないのだろうか。
検索で来る方は「ゲルシフト」ばかりです。いや、どうでも良いことですけど。
2.オリゴの安定性
以前も書きましたが、Ｓ社発行の某protocol集によれば-20℃で32Pラベル後一月持つらしいです。
半減期２週間ですがいいんですか。
それ以前に、放射線でオリゴさんがどうにかなっちゃわないんですか。（あえて頭悪すぎる疑問の書き方）
実際、以前３日ほど置いたprobeを使ってみたのですが、明らかにfreeprobeが増加していました。
ラベルが外れているか、オリゴがぷちぷちに切られているか、その両方か。
3.ラベル方法の違い
以前先輩が調べて作ってくれた*1protocolをもらい、それを元に実験していたのですが
まずr-32PATPでオリゴヌクレオチドをラベルし、カラムを通して精製、
その後アニーリングして１本鎖にしてました。
しかし、この春からこられた実験助手*2のかたによると
アニーリング後ラベル、カラム通し、そしてタンパクと結合という流れでやって来たとのことでした。
やってみると、どちらでも結合しました。
どっちがいいんでしょう？
アニーリング時や結合時の塩濃度も同時に変更*3したので、全く同条件ではないですが
結合は問題なし、かつノンスペも減りました。
その上、ラベル用キットやカラムの使用量も半分で実にリーズナブル。
弱点はr-ATP使用量も半分なのでカウントも下がってしまうことですかね。
それでも十分量有るので問題ないですけど。
で、疑問。
１本鎖でのラベルと２本鎖でのラベル、どっちがその後安定？長持ちする？
もう少しちゃんとRIのお勉強をするべきかもしれません。
そういえば、今日はRIの再講習でした。→例年通り、爆睡しました。
